| Level | Total | P_lt_05 | Padj_lt_10 | Filtered | Up_in_Dep | Down_in_Dep |
|---|---|---|---|---|---|---|
| phylum | 157 | 19 | 0 | 14 | 5 | 9 |
| class | 153 | 9 | 0 | 5 | 4 | 1 |
| order | 284 | 15 | 0 | 11 | 6 | 5 |
| family | 617 | 35 | 0 | 25 | 10 | 15 |
| genus | 2106 | 138 | 0 | 103 | 45 | 58 |
| species | 9109 | 624 | 0 | 517 | 212 | 305 |
宏基因组：差异物种
差异物种采用三套方法相互印证：
- Wilcoxon 秩和检验 — 非参数，对分布无假设，6 个分类层级各跑一遍
- MetaGenomeSeq fitFeatureModel — 零膨胀对数正态模型，处理宏基因组高比例零计数（与 vendor 报告对照）
- LEfSe — 线性判别分析，挑出有生物学意义的 biomarkers
Wilcoxon 各层级差异汇总
Species 层 Top 差异物种
MetaGenomeSeq fitFeatureModel
fitFeatureModel 在 species 层共检测到 395 个 p<0.05 的物种、29 个 FDR<0.1 的物种。
LEfSe Biomarkers
📂 本节相关产出文件
Wilcoxon 差异（每层 2 个文件）
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MetaGenomeSeq + LEfSe
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- diff_lefse.tsv — LEfSe biomarkers | 在线下载 | 本地查看
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