宏基因组：多样性分析

Alpha 多样性

Shannon

Shannon 多样性指数

Simpson

Simpson 多样性指数

Chao1

Chao1 丰富度估计

组间检验

Alpha 多样性 Wilcoxon 秩和检验

index	con_mean	con_sd	dep_mean	dep_sd	delta	W	p_value	p_adj
shannon	4.8969	0.3360	4.9566	0.1835	0.0597	51	0.9698	0.9698
simpson	0.9747	0.0078	0.9786	0.0044	0.0040	36	0.3075	0.6617
invsimpson	42.7949	12.4145	48.7715	10.7755	5.9766	36	0.3075	0.6617
chao1	6489.5800	707.2441	6403.4500	402.9201	-86.1300	61	0.4274	0.6617
ace	6511.8200	701.0298	6425.1500	397.3168	-86.6700	61	0.4274	0.6617
observed	6407.0000	734.6671	6340.6000	414.0221	-66.4000	60	0.4727	0.6617
pielou	0.5587	0.0319	0.5662	0.0174	0.0075	46	0.7910	0.9229

所有指数 p > 0.4，组间无显著差异。

Beta 多样性

PCoA (Bray-Curtis)

PCoA — Bray-Curtis 距离

PCoA (Jaccard)

PCoA — Jaccard 距离

NMDS (Bray-Curtis)

NMDS — Bray-Curtis 距离

NMDS (Jaccard)

NMDS — Jaccard 距离

PERMANOVA & ANOSIM

Beta 多样性统计检验

Method	Distance	Statistic	p_value
PERMANOVA	Bray-Curtis	R² = 0.0355, F = 0.66	0.505
PERMANOVA	Jaccard	R² = 0.0437, F = 0.82	0.435
ANOSIM	Bray-Curtis	R = 0.0127	0.300
ANOSIM	Jaccard	R = 0.0127	0.300

PERMANOVA R² 均 < 0.05，群落整体结构无显著组间差异。

📂 本节相关产出文件

Alpha 多样性（TSV）

• alpha_diversity.tsv — 各样本 7 个 alpha 指数 | 在线下载 | 本地查看
• alpha_wilcox.tsv — 组间 Wilcoxon 检验结果 | 在线下载 | 本地查看

Beta 多样性（TSV）

• beta_bray_pcoa_scores.tsv — Bray PCoA 坐标 | 在线下载 | 本地查看
• beta_bray_pcoa_variance.tsv — Bray PCoA 方差解释 | 在线下载 | 本地查看
• beta_bray_nmds_scores.tsv — Bray NMDS 坐标 | 在线下载 | 本地查看
• beta_bray_permanova.tsv — Bray PERMANOVA | 在线下载 | 本地查看
• beta_bray_anosim.tsv — Bray ANOSIM | 在线下载 | 本地查看
• beta_bray_distance.tsv — Bray 距离矩阵 | 在线下载 | 本地查看
• beta_jaccard_pcoa_scores.tsv — Jaccard PCoA 坐标 | 在线下载 | 本地查看
• beta_jaccard_pcoa_variance.tsv — Jaccard PCoA 方差解释 | 在线下载 | 本地查看
• beta_jaccard_nmds_scores.tsv — Jaccard NMDS 坐标 | 在线下载 | 本地查看
• beta_jaccard_permanova.tsv — Jaccard PERMANOVA | 在线下载 | 本地查看
• beta_jaccard_anosim.tsv — Jaccard ANOSIM | 在线下载 | 本地查看
• beta_jaccard_distance.tsv — Jaccard 距离矩阵 | 在线下载 | 本地查看

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