| set | count |
|---|---|
| feces only | 382 |
| serum only | 188 |
| skin only | 166 |
| feces ∩ serum | 15 |
| feces ∩ skin | 25 |
| serum ∩ skin | 22 |
| all three | 3 |
跨矩阵对比
提示
为什么要做跨矩阵对比？
研究目标是找抑郁组和对照组系统性变化的代谢物，并最终连接到肠道菌群（b 项目）。一个代谢物如果在三个体液（粪便/血清/皮肤）中都变化，比只在一个矩阵变化更可信，也更可能反映系统性代谢重构而非局部偏倚。
阈值选择
跨矩阵对比的目的是寻找广泛存在的信号，所以使用比单矩阵分析更宽松的阈值：
| 阶段 | 阈值 |
|---|---|
| 单矩阵 DEM 列表（各页所示） | P<0.05 ∧ VIP>1.0 ∧ |log2FC|>1.0 |
| 跨矩阵对比（本页） | P<0.05 ∧ VIP>1.0（无 FC 阈值） |
理由：FC>1 阈值会砍掉中等效应代谢物，但跨矩阵共有信号本身就需要”广覆盖+中等强度”。三个体液中都达到 P<0.05 + VIP>1 已经是很强的多重佐证。
DEM 跨矩阵 overlap
注记
“按 KEGG ID 计算”意味着只统计 MS2 鉴定到 KEGG 化合物的 DEM。同一个特征 ID 在不同矩阵的 vendor 鉴定可能不一致，所以 KEGG cpd 是更稳的跨矩阵桥梁。
三矩阵共有 DEM
下表列出在粪便、血清、皮肤三个矩阵中全部满足 P<0.05 ∧ VIP>1.0 的代谢物。direction_consistent = TRUE 表示三个矩阵都同向变化（全 Up 或全 Down），是联合分析最强的候选。
候选代谢物解读
C06695 — 2-Oxazolidinone（2-噁唑烷酮）
- 三矩阵全部 Up（粪便 log2FC=0.42, 血清 1.28, 皮肤 0.13；P 都 <0.05）
- 是异生物质（人体不内源合成），结构强烈提示微生物代谢产物
- 联合宏基因组分析的最佳候选：抑郁组三个体液都富集，强暗示某种菌产生它
C00788 — Epinephrine（肾上腺素）
- 方向不一致：粪便 Up（log2FC=0.60），血清 Down（-0.41），皮肤 Down（-0.66）
- 不是假阳性，恰恰符合 HPA 轴失调的经典模式：抑郁后期外周儿茶酚胺合成受损 → 血液和皮肤外周浓度下降；同时肠道菌群也产 epinephrine，菌群失调可让粪便端富集
- 在跨矩阵分析里是”系统性代谢重构的方向性证据”，不是单纯共变信号
C06202 — Salicylaldehyde（水杨醛）
- 异生物质降解中间体，方向：粪便 Down，血清 Up，皮肤 Down
- 弱信号，可能反映采样/代谢节点差异
双两共有 DEM
KEGG 通路跨矩阵 overlap
显著富集（P<0.05）跨多矩阵的通路：
| 通路 | 出现矩阵 | 备注 |
|---|---|---|
| mmu01232 Nucleotide metabolism | 粪便 + 血清 | 核苷酸代谢，跨肠-血信号 |
| mmu00590 Arachidonic acid metabolism | 血清 + 皮肤 | 花生四烯酸/系统性炎症 |
| mmu01100 Metabolic pathways | 血清 + 皮肤 | 总代谢通路扰动 |
联合宏基因组（b 项目）候选清单
提示
这张表是连接 a/ 和 b/ 项目的核心交付物。
下一步联合分析时，用 cand$KEGG 列里的化合物去查：
- MetaCyc / KEGG 通路：哪些菌的酶能产生或代谢它
- b 项目的菌丰度表：哪些菌的丰度在 Con/Dep 之间也显著变化，且和该代谢物丰度有强相关
- HUManN3 通路丰度：是否有通路功能在两组间富集
高级分析入口
跨矩阵分析的所有产出文件：
| 文件 | 用途 |
|---|---|
dem_kegg_membership.tsv |
全部 DEM × 三矩阵的成员关系矩阵（Boolean） |
dem_overlap_summary.tsv |
集合关系计数 |
shared_dem_3way.tsv |
三矩阵共有 DEM 详细统计 |
shared_dem_feces_serum.tsv 等 |
双两共有 |
kegg_pathway_overlap.tsv |
通路 × 三矩阵成员关系 |
candidates_for_microbiome.tsv |
联合 b 项目的核心候选 |
如果想换阈值（比如更严格 P<0.01 或加 FDR）、自己画 UpSet 图、加菌-代谢 Spearman 相关，直接在这些 TSV 上做即可。
📂 跨矩阵对比相关产出文件
核心候选清单
集合关系表
- dem_kegg_membership.tsv — 全部 DEM × 三矩阵的成员关系矩阵 | 在线下载 | 本地查看
- dem_overlap_summary.tsv — 集合关系计数 | 在线下载 | 本地查看
共有 DEM 详细表
- shared_dem_3way.tsv — 三矩阵共有 DEM（含每个矩阵的 log2FC / P / VIP / Cohen’s d / Regulation） | 在线下载 | 本地查看
- shared_dem_feces_serum.tsv — 粪便 ∩ 血清 | 在线下载 | 本地查看
- shared_dem_feces_skin.tsv — 粪便 ∩ 皮肤 | 在线下载 | 本地查看
- shared_dem_serum_skin.tsv — 血清 ∩ 皮肤 | 在线下载 | 本地查看
KEGG 通路对比