粪便：KEGG 富集
富集方法
- 背景集：所有 mmu (小鼠) 通路涵盖的 KEGG 化合物（4675 个）
- 目标集：DEM 中带有 KEGG ID 且映射到 mmu 通路的化合物（52 个）
- 检验：超几何分布（Fisher 精确检验单尾），FDR 用 BH 校正
注记
KEGG REST API 不支持 keggLink("compound", "mmu")（HTTP 400），改用全局 reference keggLink("compound", "pathway") 然后过滤 mmu 通路 — 化合物-通路映射对所有 organism 是通用的。
Bubble 图（Top 20）
完整富集结果
关注通路
显著富集（P<0.05）的通路里，几条与抑郁/神经精神关联较强：
| 通路 | KEGG ID | 备注 |
|---|---|---|
| Neuroactive ligand-receptor interaction | mmu04080 | 神经活性配-受体相互作用，抑郁经典通路 |
| Glycine, serine and threonine metabolism | mmu00260 | 氨基酸代谢，与神经递质合成相关 |
| Nicotinate and nicotinamide metabolism | mmu00760 | NAD⁺ 代谢，神经退化 |
| Cysteine and methionine metabolism | mmu00270 | 甲基化、SAM 代谢 |
| Alanine, aspartate and glutamate metabolism | mmu00250 | 谷氨酸是兴奋性神经递质 |
完整 hits 列表见上表 compounds 列。下一步可以把这些化合物拿去做菌-代谢关联（联合 b 项目）。
高级分析入口
如果想自己跑通路分析（比如换 P 阈值、换 organism、加自定义通路），输入文件就一个：
intermediate/dem_annotated_combined.tsv
包含 pos + neg 全部 DEM，每行一个特征，含 KEGG ID 列（可能有空值，表示没有 MS2 鉴定到 KEGG 化合物）。