证据整合 + 功能模块(14)

本章整合三层证据(单细胞 DE + Pseudobulk DE + 功能模块归属),筛选高置信度创面修复候选基因,并用 Module Score 量化各功能模块在组间的活性差异。

功能模块定义

7 个创面愈合功能模块:

模块 含义
ECM_remodeling 细胞外基质重塑
Angiogenesis 血管新生
Re_epithelialization 再上皮化
Inflammation_resolution 炎症消退
Proliferation 细胞增殖
Hair_follicle_regen 毛囊再生
Fibroblast_activation 成纤维细胞激活

模块打分可视化

Module Score Heatmap

各细胞类型 × 模块 Score 热图

各细胞类型 × 模块 Score 热图

Module DotPlot(按组)

各模块在 Control / Treatment 中的 DotPlot

各模块在 Control / Treatment 中的 DotPlot

三层证据整合

证据评分规则:

  • ev_sc = 1:单细胞 Wilcoxon DE 显著(padj < 0.05)
  • ev_pb = 1:Pseudobulk DESeq2 显著(padj < 0.05)
  • ev_module = 1:基因属于某功能模块

evidence_score = ev_sc + ev_pb + ev_module(满分 3)

候选等级:

  • A 级:evidence_score = 3 且方向一致
  • B 级:evidence_score = 2 且方向一致
  • C 级:evidence_score = 1

一致性散点图

单细胞 log2FC vs Pseudobulk log2FC 一致性散点

单细胞 log2FC vs Pseudobulk log2FC 一致性散点

火山图(Fibroblasts 证据标注)

Fibroblasts 火山图(标注 A/B 级候选基因)

Fibroblasts 火山图(标注 A/B 级候选基因)

优先基因列表

各细胞类型证据汇总

📂 本节相关产出文件

统计表

图(PDF 高清版)

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